Lo más espectacular son las bóvedas de cañón con lunetos,
decoradas con pinturas de temática mariana
realizadas hacia 1780 por el cartujo fray Ramón Almor.
En el centro del templo se abre el crucero,
cubierto por una cúpula semiesférica.
La transición entre nave y crucero está decorada con molduras
y pinturas que siguen el mismo programa iconográfico mariano.
El presbiterio ocupa la cabecera del templo.
Tras él se encuentra la Capilla del Sagrario,
disposición típica de las cartujas españolas.
El retablo actual es fruto de restauraciones posteriores
a los daños sufridos durante la Guerra de la Independencia.
Originalmente existía un tabique
que separaba el coro de los monjes del espacio destinado a seglares,
respetando la clausura cartujana.
También se conserva la tribuna
desde la que los fieles externos podían asistir a los oficios.